综合考虑我国环境保护现阶段的特点和“十三五”期间经济社会发展趋势，《基本思路》初步提出了“十三五”期间环境保护奋斗目标，主要包括两个阶段性目标。
首先，到2020年，主要污染物排放总量显著减少，空气和水环境质量总体改善，土壤环境恶化趋势得到遏制，生态系统稳定性增强，辐射环境质量继续保持良好，环境风险得到有效管控，生态文明制度体系系统完整，生态文明水平与全面小康社会相适应。
其次，到2030年，全国城市环境空气质量基本达标，水环境质量达到功能区标准，土壤环境质量得到好转，生态环境质量全面改善，经济社会发展与环境保护基本协调，生态文明水平全面提高。
主要污染物总量指标体系扩容
《基本思路》提出要以质量改善为核心，优化和完善主要污染物总量控制指标体系。根据质量改善需求，继续实施全国二氧化硫、氮氧化物、化学需氧量、氨氮排放总量控制，进一步完善总量控制指标体系，以倒逼经济转型。
根据《基本思路》，初步考虑对全国实施重点行业工业烟粉尘总量控制，对总氮、总磷和挥发性有机物(以下简称VOCs)实施重点区域与重点行业相结合的总量控制，增强差别化、针对性和可操作性。
新增的四种污染物总量控制指标并不是在所有的区域和所有的行业实施，而是在某些重点区域和重点行业分别实施，这也是它们区别于既有的四种主要污染物控制指标的地方。
同时，根据《基本思路》，初步考虑在电力、钢铁、水泥等重点行业开展烟粉尘总量控制，实施基于新排放标准的行业治污减排管理，把问题突出、影响范围广的区域大点源烟粉尘排放量降下去。
相比烟粉尘，VOCs的控制难度更大。根据世界卫生组织的定义，所谓VOCs是指沸点在50℃-250℃的化合物，室温下饱和蒸汽压超过133.32Pa，在常温下以蒸汽形式存在于空气中的一类有机物。VOCs主要产生于石化、有机化工、合成材料、化学药品原料制造、塑料产品制造、装备制造涂装、包装印刷等行业。目前，针对VOCs产生量最大的石化行业，环保部已发布了《石化行业挥发性有机物综合整治方案》。
根据这一方案，环保部提出，到2017年全国石化行业基本完成VOCs综合整治工作，建成VOCs监测监控体系，VOCs排放总量较2014年削减30%以上。目前的首要任务是对石化企业VOCs排放环节、治理措施和效果、VOCs排放量和VOCs物质清单等开展排查，并作为VOCs排污收费、总量控制和危险化学品环境管理等的依据。
在烟粉尘和VOCs之外，总氮、总磷这两种总量控制新指标也值得关注。根据《基本思路》，“十三五”期间初步考虑在三湖一库、海河流域以及长三角等污染最严重、问题最突出的地区实行总氮或总磷区域排放量总量控制，要求沿海城市污水处理厂实施脱氮除磷。
空气质量目标分区管理
根据《基本思路》，在“十三五”期间实施《大气污染防治行动计划》、《水污染防治行动计划》和《土壤污染防治行动计划》三大行动计划，分区域持续改善环境质量。
其中，空气质量的改善尤为值得关注。在全国层面坚持不懈开展大气污染综合防治的同时，由国家制定分区域、有差别的空气质量目标，各地区依据基于排放清单等法规推荐方法确定达到空气质量目标的多污染物排放控制要求，并制定相应的工作方案。
根据《基本思路》，在PM2.5严重、大气污染传输影响显著的东中部12个省、珠三角、成渝区域全面实施第六阶段新车排放标准、非道路机械实施第四阶段排放标准;大力推进区域大气污染协同控制，形成区域统一的环境决策协商机制、信息通告与报告机制、环评区域会商机制、区域联合执法机制和区域重污染天气应急联动机制;建立反映区域污染特征的差别化质量目标和任务。
同时，珠三角区域重点抓好多污染物协同控制，控制PM2.5和O3等二次污染物形成，力争PM2.5年均浓度基本达标;成渝地区重点控制以PM2.5、PM10为代表的颗粒物污染，力争总体达到珠三角现状水平;东中部12省市(包括北京、天津、河北、山西、河南、山东、湖北、湖南、安徽、上海、江苏、浙江等)重点控制以PM2.5、PM10为代表的颗粒物污染，兼顾京津冀、长三角等区域的O3污染，力争总体水平达到成渝现状水平。
《基本思路》提出，全国其他地区以控制PM10为重点，省会及计划单列市等中心城市兼顾PM2.5和O3的控制。根据城市污染程度和改善的不同，对接近标准的城市提出达标时间要求，对超标严重的城市提出浓度下降比例要求。
通过上述分区分类管理空气质量的措施，环保部期望到“十三五”末，PM2.5超标30%以内城市率先实现PM2.5年均浓度达标，PM2.5超标1倍以上的城市力争到“十三五”末将超标程度缩小三分之一以上，其它超标程度的城市力争到“十三五”末有所改善，力争全国地级以上城市重污染天气减少60%左右，城市空气质量平均达标天数比例明显提高。